jupgrade-0.5.5の時は途中で止まってしまったがcom_jupgrade-1.0.1.zipで試してみた所、ほぼワンクリックでアップグレード完了。
モジュールの再設定、メニューの一部の書き換えなどが必要。
目立った問題は無いがUrlが変わってしまった………のが問題かな~。
ついでに、
libraries/joomla/document/html/renderer
にあるファイルを書き換えて「generator」を削除する。

アップグレードの再は、使っていないテンプレートやモジュール等はアンインストールしてから……吉